El Centro de Investigaciones del Medio Ambiente y Ordenación Territorial cuenta con tres Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento, que forman los ejes principales alrededor de los cuales se articulan los diferentes proyectos que los investigadores del CIMA desarrollan. 

Línea 1. Teoría e Imaginario de la Arquitectura y la Ciudad.

Estudios e investigaciones que aborden la producción teórica, los conceptos y paradigmas, para indagar e introducirse en los procesos de producción y conocimiento de la ciudad, del fenómeno arquitectónico como producción del espacio vital y singular del hábitat humano, en el contexto de las transformaciones históricas y de su desarrollo hacia un presente-futuro. Indagar el contexto local y Latinoamericano, en el marco de sus especificidades e identidad particulares. Estudios sobre la construcción del imaginario de la ciudad, sus procesos y memoria conceptual sustantiva, historia y realidad, en la que se han producido y concretan sus escenarios presentes y futuros. 

Línea 2. Territorio, movilidad y espacio público.

Investigaciones y estudios que focalizan sus análisis sobre el uso del territorio, los resultados en la configuración de los problemas generales de las funciones vinculadas a la gestión de movilidad urbana y regional y su funcionamiento. Las actuaciones que intervienen en los procesos de estructuración de las redes y nodos territoriales de entidades urbanas y sus procesos productivos. El espacio público en la construcción y vertebración espacial de las ciudades y su especificidad cultural y urbana, sus transformaciones en el tiempo, espacio-lugar que favorece y da sentido de integración, cohesión y dialogo espacial como construcción comunitaria y formación de ciudadanía.

Línea 3. Hábitat, Cambio Climático y Sustentabilidad.

Estudios e investigaciones multidisciplinares acerca de las complejas relaciones entre la ocupación y uso del territorio, la gestión de las funciones urbanas, sus efectos sociales y los impactos en la construcción del hábitat humano.  Las cualidades eco-ambientales y la extensión regional de las huellas ecológicas y su vinculación a escala del planeta. La ordenación del territorio, la región y la planeación de las ciudades en el marco del cambio climático y los procesos de globalización, que se suceden como contexto de la creciente desigualdad y la crisis  mundial del desarrollo entre los problemas de la gobernanza y la participación social.

Cada investigador miembro del CIMA está adscritos a una de estas líneas de investigación según su experiencia, producción de conocimiento y principal interés.